Фонарь огонь н 410 т 6 характеристики: Подводный светодиодный фонарь для дайвинга Огонь H-410-T6

Ремень генератора для MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4 75kw 102hp OM 602.980 1997/2006 Дизель Фургон OM 602.980

Ремень генератора MERCEDES-BENZ Мерседес спринтер 4-т фургон (904) 410 д 4×4 купить, заказать по выгодной цене для MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4 75kw 102hp OM 602.980 в каталоге интернет магазина автозапчастей car-blansh.com.ua

Сначала дешевыеСначала дорогиеПо артикулуПо брендуПо направлениюПо возврастанию срока поставкиПо убыванию срока поставки КомпактныйВид списокВид таблица

  Фильтр

  Сортировать

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 10 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 10 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 2 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе >10 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 3 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 14 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Bastion

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 3 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 2 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 3 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 5 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе >5 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе >10 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе >5 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе >5 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 5 шт.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 5 шт.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

Рекомендуем

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 2 шт.
Доставим за 1 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе есть шт.
Доставим за 2 дн.

14 дней на обмен и возврат
Гарантия на запчасти 1 год

На складе 1 шт.
Доставим за 2 дн.

Видели продажу

по более привлекательной цене?

Позвоните, напишите и получите скидку!

Тормозные колодки барабанные SCANIA P,G,R,T

Тормозные колодки барабанные SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13. 115 в наличии ♨️ Цена тут ➡️ ecce.by

Тормозные колодки барабанные SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115 выполняет важную функцию для безопасной эксплуатации вашего автомобиля. Заводом изготовителем SCANIA рекомендовано внимательно следить за состоянием и своевременно обслуживать Тормозные колодки барабанные в течение всего срока эксплуатации транспартного средства.

Интернет-магазин автозапчастей предлагает купить Тормозные колодки барабанные SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115 в наличии ♨️ и под заказ. На сайте широкий выбор запчастей, вы всегда найдете оригинальные детали и заменители. Приемлемая цена тут ⏩ ecce.by.

Купить Тормозные колодки барабанные SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115 в Минске

  • Выберайте Тормозные колодки барабанные для SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115 Дизель Седельный тягач
  • Добавляйте нужную Тормозные колодки барабанные в корзину
  • Оформляйте заказ

Сначала дешевыеСначала дорогиеПо артикулуПо брендуПо направлениюПо возврастанию срока поставкиПо убыванию срока поставки КомпактныйВид списокВид таблица

  Фильтр

  Сортировать
Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13. 115

Ширина
203
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
9,6

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115

Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115

Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13. 115

Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115

Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115

Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13. 115

Длина
245
Ширина
254
Внутренний диаметр
6,9
Количество отверстий
16
Тормозная колодка
без накладок
Сторона установки
Задняя ось двусторонне
Вес [кг]
11

Применение: SCANIA P,G,R,T — series G 410, P 410, R 410 302kw 411hp DC 13.115

Видели продажу

по более привлекательной цене?

Позвоните, напишите и получите скидку!

Болт ГБЦ для MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4 1997/2006 Дизель Фургон OM 602.980

Болт ГБЦ MERCEDES-BENZ Мерседес спринтер 4-т фургон (904) 410 д 4×4 купить, заказать по выгодной цене для MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4 в каталоге интернет магазина автозапчастей ilan.by

Сначала дешевыеСначала дорогиеПо артикулуПо брендуПо направлениюПо возврастанию срока поставкиПо убыванию срока поставки КомпактныйВид списокВид таблица

  Фильтр

  Сортировать

На складе 5 (шт. )

Длина [мм]
102
Наружная резьба [мм]
M10 x 1,5
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Вес [кг]
0,062
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 6 (шт.)

Длина [мм]
115
Наружная резьба [мм]
M10 x 1,5
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Вес [кг]
0,07
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 4 (шт.)

Длина [мм]
80
Наружная резьба [мм]
M10 x 1,5
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Вес [кг]
0,06
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 4 (шт. )

Длина [мм]
80
Наружная резьба [мм]
M10 x 1,5
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Вес [кг]
0,06
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 4 (шт.)

Профиль головки болта
внутренний многогранник
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 6 (шт.)

На складе 3 (шт.)

Длина [мм]
80
Размер резьбы
M10
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Количество
6
Длина 2 [мм]
102
Шаг резьбы 1 [мм]
1,5
Длина 3 [мм]
115
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 50 (шт. )
Доставим за 1 дн.

Размер резьбы
M10
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

На складе 12 (шт.)
Доставим за 1 дн.

Размер резьбы
M 10
Шаг резьбы [мм]
1,5
Профиль головки болта
внутренний многогранник
Ширина зева гаечного ключа
X — M 10
Болт ГБЦ
MERCEDES-BENZ SPRINTER 4-t фургон (904) 410 D 4×4

Видели продажу

по более привлекательной цене?

Позвоните, напишите и получите скидку!

% PDF-1.6 % 91775 0 объект > эндобдж xref 91775 73 0000000016 00000 н. 0000012444 00000 п. 0000012756 00000 п. 0000012890 00000 н. 0000013081 00000 п. 0000013272 00000 п. 0000013463 00000 п. 0000013654 00000 п. 0000013845 00000 п. 0000014036 00000 п. 0000014227 00000 п. 0000014418 00000 п. 0000014838 00000 п. 0000015377 00000 п. 0000015927 00000 н. 0000016123 00000 п. 0000016313 00000 п. 0000016354 00000 п. 0000016597 00000 п. 0000017039 00000 п. 0000017264 00000 п. 0000017698 00000 п. 0000017778 00000 п. 0000018030 00000 п. 0000018294 00000 п. 0000019275 00000 п. 0000019916 00000 п. 0000020595 00000 п. 0000021195 00000 п. 0000021818 00000 п. 0000022980 00000 п. 0000023619 00000 п. 0000023665 00000 п. 0000023754 00000 п. 0000024376 00000 п. 0000025785 00000 п. 0000027103 00000 п. 0000029799 00000 н. 0000032154 00000 п. 0000032458 00000 п. 0000032758 00000 п. 0000032836 00000 п. 0000032958 00000 п. 0000033058 00000 п. 0000033110 00000 п. 0000033241 00000 п. 0000033293 00000 п. 0000033408 00000 п. 0000033460 00000 п. 0000033575 00000 п. 0000033627 00000 п. 0000033738 00000 п. 0000033790 00000 п. 0000033954 00000 п. 0000034005 00000 п. 0000034120 00000 п. 0000034172 00000 п.

«E @ DPcHw.pmq: FEŭ] ױ- * YNcG [m6 {g &% ゙ 97

Microsoft Word — Пожары в общежитиях и братствах 2003-2006 гг.

% PDF-1.6 % 198 0 объект >>> / Тип / Каталог >> эндобдж 195 0 объект > поток заявка / pdf

  • плевеск
  • Microsoft Word — Пожары в общежитиях и братствах в 2003-2006 гг.
  • 2009-08-14T08: 10: 11-04: 00PScript5.dll Версия 5.22009-08-14T08: 12: 49-04: 002009-08-14T08: 12: 49-04: 00 Acrobat Distiller 8.1.0 (Windows) uuid: 85036d50-c9cb-4421-a206-58ae6b407c8fuuid: b811f47d-ee1c-4bef-8cd8-a13d2fc49be0 конечный поток эндобдж 300 0 объект >
    / Кодировка >>>>> эндобдж 188 0 объект > эндобдж 189 0 объект > эндобдж 299 0 объект > эндобдж 190 0 объект > эндобдж 191 0 объект > эндобдж 192 0 объект > эндобдж 193 0 объект > эндобдж 194 0 объект > эндобдж 168 0 объект > эндобдж 171 0 объект > эндобдж 173 0 объект > поток hYMsWU! S «- ~ J ܜ kT

    Китайский фонарь зажег огонь в многоквартирном доме в Монтроуз

    ХЬЮСТОН, штат Техас (KTRK) — Символический момент в честь любимого человека зажег огонь, разрушивший по крайней мере имущество одной семьи.

    Около 21:00 В воскресенье пожарные Хьюстона окружили жилой комплекс Susanne в Монтроуз.


    За несколько минут до этого Франческа Маккаутан и ее муж почувствовали запах гари.

    «Тревоги не было, поэтому мы побежали по коридору, стуча в двери и крича о пожаре», — сказал МакКаутан. «Мы пошли на парковку на 8-м этаже, чтобы увидеть, как крышу нашей квартиры охватило пламя».

    Когда она вернулась, она увидела, какой ущерб был нанесен.

    Маккаутан потеряла все свое имущество, включая свадебные фотографии, детские фотографии и мебель.

    «Я очень взволнован», — сказал Маккаутан. «Это много для обработки. Это очень ошеломляет, когда в один момент выпить бокал вина за обеденным столом, а в следующий момент осознать, что ты никогда больше не сядешь за этот стол. Это действительно страшно».


    Маккаутан, флорист, сказал, что воскресный инцидент легче уладить благодаря участникам творческого сообщества.

    «Есть местный модельер, который оставил мне одежду», — сказал Маккаутан. «Это был просто невероятный охват.»

    Пожарная служба Хьюстона признала пожар случайным. Они говорят, что виноват китайский пожарный фонарь.

    В жилом комплексе сказали, что один из жителей зажег фонарь в гараже, чтобы почтить память погибшего любимого человека, и ветер подул фонарь направился к зданию, в результате чего оно упало на крышу.

    Хотя фонари не являются незаконными, начальник пожарной охраны штата предупреждает членов сообщества об опасностях, которые могут исходить от них.

    Маккаутан говорит, что она не расстроена необычными обстоятельствами. а скорее рада, что все в порядке.

    «Это могло быть электрическое возгорание», — сказал Маккаутан. «Это могла быть свеча. Это могло быть что угодно. Суть в том, что мы потеряли все, но вещи, которые мы не можем заменить, у нас все еще есть».

    Copyright © 2021 КТРК-ТВ. Все права защищены.

    Синхронное ритмичное мигание светлячков. II. на JSTOR

    Абстрактный

    Синхронизированное свечение самцов некоторых видов светлячков предполагает способность к визуально скоординированному, ритмически совпадающему межличностному поведению, которое очевидно уникально в царстве животных, за исключением нескольких других членистоногих и человека.

    В этой статье рассматриваются (1) различные коммуникативные взаимодействия, которые возникли из элементарных световых сигналов, (2) физиологические механизмы синхронизма и (3) теории о его биологическом значении. Работа последних 20 лет показывает, что синхронизация вспышек широко распространена географически и таксономически, проявляется в удивительном диапазоне впечатляющих типов отображения, использует несколько нейронных механизмов управления вспышкой и повсеместно, но загадочно вовлечена в процесс ухаживания. Никакая предлагаемая функция синхронности не была полностью установлена, но теория и физиология сходятся во мнении, что синхронность помогает ориентации мужчин на женщину, распознаванию самками самцов или и того, и другого.Одним из наиболее вероятных преимуществ является более широкий выбор партнера для самки.

    Информация о журнале

    Текущие выпуски теперь размещены на веб-сайте Chicago Journals. Прочтите последний выпуск. Ежеквартальный обзор биологии (QRB) представляет проницательные исторические, философские и технические решения важных биологических тем с 1926 года.

    Как главный обзорный журнал по биологии, QRB публикует выдающиеся обзорные статьи большого объема, которые руководствуются обширным, всеобъемлющим и часто гуманистическим пониманием биологии.Помимо основных биологических наук, QRB также является важным обзорным журналом для ученых в смежных областях, включая политические исследования, историю и философию науки. Обширный раздел обзоров новых книг по биологии предоставляет преподавателям и исследователям информацию о последних публикациях из жизни

    . Информация об издателе

    С момента своего основания в 1890 году в качестве одного из трех основных подразделений Чикагского университета, University of Chicago Press взяла на себя обязательство распространять стипендии высочайшего стандарта и публиковать серьезные работы, которые способствуют образованию, способствуют общественному пониманию. , и обогатить культурную жизнь.Сегодня Отдел журналов издает более 70 журналов и сериалов в твердом переплете по широкому кругу академических дисциплин, включая социальные науки, гуманитарные науки, образование, биологические и медицинские науки, а также физические науки.

    Геномы светлячков указывают на параллельное происхождение биолюминесценции у жуков

    Существенные изменения:

    1) Ортологический анализ

    Были высказаны опасения относительно возможности того, что наборы генов не были сначала отфильтрованы для выбора одного белка на ген.Если это так, то эти анализы необходимо будет выполнить на отфильтрованных наборах генов, и все последующие анализы, в которых используются результаты ортологии, необходимо будет обновить, с соответствующим изменением выводов.

    Анализы генов. Для наборов генов P. pyralis, A. lateralis и I. luminosus все представленные пептидные последовательности были «канонической» изоформой данного гена, так как мы рассчитали только одну (наиболее точно поддерживается) модель транскрипта на ген. Мы считали, что глобальная характеристика альтернативных вариантов сплайсинга выходит за рамки данной рукописи, так как мы не увидели доказательств наличия альтернативных вариантов сплайсинга в наших интересующих семействах генов. Альтернативный сплайсинг будет рассмотрен в отдельной рукописи, подробно описывающей текущую стратегию курирования наборов генов и сборок генома.

    Ортологические анализы. Наборы генов пептидов D. melanogaster и T. castaneum NCBI были использованы для кластеризации белков OrthoFinder. Действительно, они включают все альтернативные варианты сплайсинга для данных генов. Мы согласны с тем, что эти наборы генов должны быть предварительно отфильтрованы до канонических изоформ.

    К сожалению, нам не удалось найти такой файл «канонических изоформ» для D.melanogaster и T. castaneum на Flybase.org или BeetleBase.org, хотя BeetleBase.org был недоступен из-за ошибки конфигурации сервера на момент написания.

    Затем мы обратились к референсным протеомам Uniprot, которые, по-видимому, фильтруются до одной изоформы. Однако мы обнаружили субстанциональную избыточность ген-изоформа в эталонных протеомах Uniprot (см. Таблицу BUSCO ниже). Это связано с тем, что гены фильтруются до единой канонической изоформы только для тех белков, которые были вручную проверены в Uniprot (база данных «SwissProt»). Поскольку меньшая часть генов / белков в Drosophila (3483 из 21 957) и очень мало генов / белков в Tribolium (2 из 18 505) проверяются вручную на Uniprot, остается значительная остающаяся избыточность генов-изоформ. Поэтому мы стремились отфильтровать референсные протеомы Uniprot до отдельных изоформ.

    Поскольку нам не удалось найти существующий инструмент для фильтрации эталонного протеома Uniprot до «канонических» изоформ, мы создали специальный скрипт, который фильтрует эталонные протеомы Uniprot до отдельных изоформ, используя эвристику, которая выбирает изоформу с наилучшим сообщением о «существовании». ”Балл по Uniprot и лучшие баллы сопоставления BLASTP с наборами пептидов других видов.Этот настраиваемый скрипт доступен на Github (https://github.com/photocyte/filter_uniprot_to_best_isoform). Результаты этой фильтрации показаны ниже:

    Drosophila Эталонный протеом Uniprot (нефильтрованный)

    (21 957 изоформ белка для 14 213 генов, кодирующих белок) C: 99,8% [S: 67,0%, D: 32,8%], F: 0,2%, M: 0,0%, n: 2442

    Drosophila Эталонный протеом Uniprot (фильтрация по индивидуальному сценарию):

    (15 152 белка для 14 213 генов, кодирующих белок)

    C: 99. 6% [S: 92,8%, D: 6,8%], F: 0,3%, M: 0,1%, n: 2442

    Tribolium Эталонный протеом Uniprot (нефильтрованный)

    (18 505 белков для 16 578 генов, кодирующих белок)

    C: 98,1% [S: 89,4%, D: 8,7%], F: 1,5%, M: 0,4%, n: 2442

    Эталонный протеом Tribolium Uniprot (фильтрация по специальному сценарию)

    (16 991 белок для 16 578 кодирующие белки гены)

    C: 98,0% [S: 95,8%, D: 2,2%], F: 1,6%, M: 0,4%, n: 2442

    Оставшаяся избыточность в отфильтрованных наборах данных выше, вероятно, связана с ( i ) различные варианты сплайсинга, которые не имеют существенно различающихся оценок BLASTP по сравнению с их альтернативными вариантами (и, следовательно, не должны влиять на результаты кластеризации OrthoFinder), или ( ii ) особые случаи, которые не следует сокращать (например,г. ген (ы) Rpb4 Drosophila , которые имеют то же название гена и один и тот же сайт начала транскрипции, но разные идентификаторы генов).

    Теперь мы представляем результаты кластеризации OrthoFinder с использованием отфильтрованных выше референсных протеомов Uniprot для D. melanogaster и T. castaneum , а также последней версии OrthoFinder (v2.1.2 -> v2.2.6). Зависимые анализы были переделаны и перечислены ниже для удобства рецензентов:

    — Рисунок 2E (обновлен для представления генов вместо ортогрупп)

    — Рисунок 5

    — Приложение 4 — рисунок 4

    — Приложение 4 — рисунок 8

    — Приложение 4 — таблица 6

    Эти цифры показывают улучшенное перекрытие ортогрупп у разных видов по сравнению с их предыдущими версиями, предполагая, что результаты эвристики кластеризации ортогрупп были улучшены за счет фильтрации до отдельных изоформ.

    2) Оценка качества

    Оценка является исчерпывающей, хотя необходимо проверить некоторые детали (см. Ниже), но вывод о том, что все три генома и аннотации являются «высококачественными», вводит в заблуждение. Лучшая сборка (P. pyralis), вероятно, содержит несколлапсированные гаплотипы, в то время как I. luminosus остается фрагментированным (~ 90K каркасов).

    Мы хотели дать этому заявлению контекст для оценки качества наших сборок по сравнению с другими сборками генома жуков и принести извинения за то, что рецензенты почувствовали себя введенными в заблуждение.Мы пересмотрели язык в основном тексте (подраздел «Секвенирование и сборка геномов светлячков и жуков-щелкунов», второй абзац), а также содержание рисунка 2F, чтобы представить статистику качества наших сборок по сравнению с моделью. beetle, T. castaneum , что позволяет читателям самостоятельно оценить качество наших сборок.

    И аннотированные наборы генов кажутся менее полными, чем предполагают сборки.

    Да, есть несоответствие между оценками BUSCO, полученными на основе наших сборок (BUSCO: Ppyr — 97.2%, Alat — 97,4%, Ilum — 94,8%) и гены наших аннотированных наборов генов (BUSCO: Ppyr — 94,2%, Alat- 90,0%, Ilum — 91,8%), что свидетельствует о недостаточной эффективности наборов генов, созданных EvidenceModeler с использованием комбинации нескольких линий доказательств ( ab initio , сборка и выравнивание транскриптомов de novo, сборка и выравнивание транскриптомов на основе ссылок).

    Мы смогли получить «лучшие» значения BUSCO для наборов генов, используя только предсказание гена Augustus ab initio .Однако при ручном исследовании наших генов-мишеней (люциферазы, PACS, ACS) эти прогнозы показали множество ошибок, особенно в отношении близкородственных тандемных генов, которые были сделаны химерными. Такое формирование химер было особенно проблематичным для тандемно расположенных семейств генов, представленных в этой работе.

    Таким образом, мы сочли оправданным использование эмпирически оптимизированных (оптимизация на основе ручного изучения моделей целевых генов) аннотаций EvidenceModeler, которые в значительной степени опирались на наши данные RNA-Seq и лишь редко использовали предсказание гена ab initio ab initio.Однако, несмотря на обширное эмпирическое тестирование этапов и параметров наших конвейеров аннотации генов на основе EVM, мы не смогли сопоставить балл BUSCO с одной только аннотацией ab initio . По нашему опыту, любой путь аннотации приводил к ошибкам, но EVM действительно приводил к меньшему количеству недостатков в подмножестве генов, которое нас интересовало. Мы планируем продолжить курирование наборов генов в будущей рукописи.

    Подтверждение ручного курирования, поддерживающее анализ конкретных семейств генов (например,г. поэтому ACTS, PACS, P450 и DNMT) должны быть четко представлены.

    Мы вручную курировали членов определенных семейств генов, проанализированных в исследовании. Описание нашего процесса теперь усилено в Приложении 1, подраздел «Официальная аннотация набора генов кодирования (PPYR_OGS1.1)». Теперь мы также указываем это в основном тексте (подраздел «Секвенирование и сборка геномов светлячков и жуков-щелкунов», второй абзац).

    К сожалению, у нас нет хороших данных о генах, которые были вручную отобраны в процессе подготовки рукописи, помимо определенных семейств генов, описанных в рукописи.Поэтому, чтобы обеспечить прозрачное отслеживание будущих проблем и изменений генов, мы создали репозиторий Github для наборов генов трех геномов и использовали его для отслеживания любых изменений набора генов с момента получения отзывов. Официальные наборы генов P. pyralis, A. lateralis и I. luminosus можно найти на https://github.com/photocyte/PPYR_OGS, https://github.com/photocyte/AQULA_OGS и https: //github.com/photocyte/ILUMI_OGS соответственно. Эти репозитории теперь связаны с www.fireflybase.org.

    3) Анализ молекулярной адаптации

    Было поднято несколько вопросов относительно этих анализов и результатов (подробности см. Ниже). (i) представление результатов только для Elateridae приводит к предположению, что для Lampyridae не было обнаружено положительных результатов, но это вообще не обсуждается.

    Мы не проводили анализ aBSREL для всего набора данных по гомологам люциферазы кантароидов (жук-щелкун + светлячок + рагофтальмид + фенгодид).Вместо этого мы проверили, показывает ли реконструированная предковая ветвь элатерид-люциферазы на рисунке 4A признаки положительного отбора, которого было бы достаточно для поддержки неофункционализации активности люциферазы в этой ветви, тем самым подтверждая заявление о независимости AncLuc и EAncLuc . эволюционное происхождение.

    Всесторонний анализ молекулярной эволюции гомологов люциферазы у биолюминесцентных жуков и их родственников является интересным и логичным продолжением результатов этого исследования.Однако мы считаем, что такое исследование преждевременно из-за ограниченности данных по ключевым родственным таксонам, которые могли бы сообщить о происхождении предковой люциферазы (нет геномных данных для представителей Rhagophthalmidae, Phengodidae или Cantharidae).

    В частности, в случае применения того же анализа к ветви cantharoid AncLuc , как предполагают обозреватели, ситуация усложняется: неофункционализация AncLuc более древняя (~> 100 млн лет назад), чем предполагаемая неофункционализация элатеридов, и другие последовательности «кантароидов» (фенгодид и рагофтальмид) также вступают в игру.В отличие от элатерид, у которых было довольно много работы по характеристике несветящихся гомологов люциферазы (например, Оба, Y., Iida, K., Ojika, M., and Inouye, S. (2008): Ортологичный ген люциферазы жука в не -светящийся жук-щелкун, Agrypnus binodulus (Elateridae), кодирует жирную ацил-КоА синтетазу. Ген 407 , 169–175.), фенгодиды и рагофтальмиды не изучены в той же степени. Хотя люциферазы были клонированы из фенгодид и рагофтальмид, нелициферазные гомологи люциферазы из этих таксонов неизвестны.Другими словами, существует изрядное количество недостающих последовательностей и топологическая неопределенность в отношении ветви, являющейся предком AncLuc из дерева генов на Рисунке 4A. Таким образом, мы полагаем, что результаты выборочного анализа в основании ветви AncLuc могут немного вводить в заблуждение и потребовать секвенирования геномов как фенгодид, так и рагофтальмид. Мы добавили текст, разъясняющий нашу позицию в Обсуждение (первый абзац), но в целом считаем, что анализ выходит за рамки данной рукописи.Эти молекулярные и функциональные анализы являются специальностями некоторых из нас в рамках сотрудничества (Оба, Лоуэр, Штангер-Холл) и обещают будущие тщательные исследования. Мы действительно планируем вернуться к этому в отдельной рукописи.

    (ii) сообщение некоторых результатов приводит к некоторой путанице, например, использованное пороговое значение p и очень высокие значения омега.

    Приносим извинения за неудобства. Проблема с отсечением p-значения, упомянутая рецензентом 1, возникла из-за досадной опечатки.Мы исправили эту опечатку, и текст в повторно представленной версии теперь внутренне соответствует результатам анализа. Что касается очень высоких значений омега, мы согласны с рецензентом 3, что, вероятно, это связано с ограниченным количеством выбранных сайтов в этих конкретных ветвях. Рецензент 3 предложил нам представить статистику теста отношения правдоподобия и сделал это, добавив статистику LRT на рис. 4B, а также для всего анализа в дополнительных файлах, представленных на FigShare (https://figshare.com/s/21a50b49b95b83f938c6 )

    Несколько рецензентов коснулись важных ветвей, но с высоким содержанием омега (показаны голубыми звездами на рисунке 3B), но мы не комментировали эти ветки в предыдущем сообщении, так как мы еще не полностью утвердили свои мысли по ним.

    Мы пришли к выводу, что это могут быть сигналы полового отбора на дорсальный и вентральный цвет люцифераз элатерид. Подобно светлячкам, (некоторые) биолюминесцентные элатериды используют свой свет как сигнал ухаживания ( I. luminosus , по-видимому, один из этих видов), но в отличие от светлячков элатериды используют исключительно непрерывное свечение в качестве сигналов ухаживания. Ожидается, что спинные и вентральные световые органы у элатерид выполняют разные функции.В частности, считается, что дорсальное световое излучение действует как апосематические сигналы и / или для освещения траекторий полета и / или посадочных площадок, в то время как вентральное световое излучение, как полагают, действует в привлечении партнера. Как хорошо известно из светлячков, излучение люциферазы цвет может быть изменен путем замены одной аминокислоты (Нива, К., Ичино, Ю., Кумата, С., Накадзима, Ю., Хираиши, Ю., Като, Д.-И., Вивиани, В.Р. и Омия, Ю. (2010) Квантовые выходы и кинетика реакции биолюминесценции светлячков люцифераз жуков.Фотохимия и фотобиология 86 , 1046–1049.), И такие изменения в результате выборочного обследования были задокументированы у ямайских жуков-щелкунов (Stolz et al., 2003., небольшое количество сильно меняющихся участков постоянно с нашей гипотезой об эволюции цвета, связанной с половым отбором. Хотя это интересно само по себе, это несколько выходит за рамки основного вопроса рукописи о древнем эволюционном происхождении. Поэтому, чтобы учесть опасения рецензентов, мы добавили предложение к легенда на Рисунке 4B, которая это подтверждает.Для удобства рецензентов мы воспроизводим раздел легенды рисунка ниже:

    «Ветви с голубыми звездами могут представлять собой постнеофункционализационный выбор нескольких участков посредством полового выбора цветов излучения».

    Результаты также заставляют по крайней мере двух рецензентов задуматься о том, можно ли идентифицировать какие-либо конкретные изменения последовательности, которые могут быть связаны с приобретением активности люциферазы.

    Мы согласны, это интересный аспект для решения. Анализ aBSREL оценивает долю сайтов с определенным избирательным режимом (категория ω), но не может тестировать определенные выбранные сайты (дополнительную информацию см. в этом выпуске Github: https: // github.com / veg / hyphy / issues / 707). Это можно рассматривать как сродни тому, как анализ PAML может определять долю выбранных сайтов с использованием моделей ветвления за сайтом, но затем должен использовать эмпирическую байесовскую оценку для определения конкретных сайтов в процессе выбора.

    Чтобы ответить на этот комментарий, мы выполнили анализ модели эволюции со смешанным эффектом (MEME), чтобы идентифицировать конкретные выбранные сайты, и представить результаты в Приложении 4, подраздел «Тестирование для отбора предков предковой люциферазы elaterid (рис. 4B)» ( упоминается в легенде рисунка 4B в основном тексте).

    Для читателей, более знакомых с PAML-анализом, в вышеупомянутом подразделе мы также представляем результаты тестов ветвления по сайтам. Результаты PAML согласовывались с abSREL и MEME — они идентифицировали класс сайтов, подлежащих отбору, на ветви, ведущей к предковой элатеридной люциферазе ( EAncLuc ). Однако PAML идентифицировал меньше сайтов, чем более чувствительный анализ цМема, и только 19 выбранных сайтов были идентифицированы обоими анализами. Это неудивительно, учитывая известную частоту ложных срабатываний этих методов (Smith et al., 2015 и разреженная выборка таксонов в нашем исследовании. Мы подчеркиваем, что эти анализы являются лишь отправной точкой, а функциональный анализ необходим для определения конкретных мутаций, связанных с неофункционализацией активности люциферазы, о которой мы планируем рассказать в отдельной рукописи.

    4) «Спорная» гипотеза

    Учитывая, что несколько недавних исследований были процитированы, которые уже подтвердили гипотезу о независимом происхождении биолюминесценции у жуков, включая статью 2016 года того же первого автора, подчеркивающую заявленное « разногласия »не требуется.

    Чтобы снять озабоченность рецензентов, мы удалили ссылку на «спорное» из аннотации рукописи.

    Что касается ссылки на статью 2016 года, мы благодарим рецензента за то, что он выделил это, действительно, предложение в ранее представленной версии, в котором утверждалось, что результаты согласуются с предыдущей гипотезой независимой эволюции из (Fallon et al., 2016), было написано не точно. В статье LST от 2016 года высказывается гипотеза, что LST отсутствует у Elateridae, но это не отражает того, является ли биолюминесценция в целом независимой или нет.Мы переписали соответствующий раздел, чтобы более точно передать эту логику:

    «Хотя прямой ортолог LST присутствует в A. lateralis , он отсутствует в I. luminosus , что позволяет предположить, что LST и предполагаемое хранение люциферина. он опосредует, это исключительная наследственная черта светлячков. Этот вывод согласуется с предыдущими гипотезами об отсутствии LST у Elateridae (Fallon et al., 2016), а также с общей гипотезой о независимой эволюции биолюминесценции между Lampyridae и Elateridae.“

    5) Повторить аннотацию

    В основном тексте обсуждаются только повторы у P. pyralis, но не рассматривается, могло ли содержание повтора быть увеличено путем включения гаплотипов в сборку.

    Мы действительно полагаем, что в сборке P. pyralis есть избыточные гаплотипы, как говорится в основном тексте. Мы согласны с рецензентами в том, что сообщаемое повторяющееся содержание могло быть завышено из-за идеальной сборки. Однако, поскольку повторяющиеся элементы входят в число элементов последовательности, наиболее плохо реконструируемых при сборке генома (например,г. сокращение тандемных повторов), а также являются одними из наиболее генетически изменчивых элементов (расширение или сокращение STR), количество повторов также могло быть недооценено. Чтобы устранить озабоченность рецензентов, мы выделили потенциальные дубликаты в аннотации. Мы воспроизводим это предложение ниже для удобства рецензентов:

    «Остающаяся избыточность в сборке и аннотации P. pyralis , на что указывают дубликаты BUSCO и размер сборки (Рисунок 2F; Приложение 4 — таблица 2), вероятно, связан с гетерозиготностью аутбредных входных библиотек (Приложение 1).

    Сложный повтор в I. luminosus обсуждается в приложении, но то, как он связан с реконструкцией локуса люциферазы / ACS / PACSs, игнорируется в основном тексте.

    Мы полагаем, что реконструкция локуса люциферазы (т.е. ручное слияние каркасов через комплексный повтор I. luminosus ) хорошо задокументирована в дополнительном материале (Приложение 3, подраздел «Ilumi1.2: Руководство для длительного чтения»). строительные леса »). Чтобы снять озабоченность рецензентов, мы добавили предложение к легенде рисунка 3D, чтобы подчеркнуть это ручное слияние каркасов для читателей.Мы воспроизводим это предложение ниже для удобства рецензентов:

    «Полная версия Ilumi1.2_Scaffold13255 была создана путем ручного слияния двух строительных лесов, подтвержденного доказательствами (Приложение 3, подраздел« Ilumi1.2: Ручные долго читаемые строительные леса »)»

    Остается неясным, дают ли повторные аннотации какое-либо понимание историй перестройки этих локусов в трех геномах жуков.

    Да, можно рассмотреть роль повторяющихся элементов в эволюции этих локусов.Однако дупликация Luc1 / Luc2 у светлячков произошла> 100 млн лет назад, поэтому мы ожидаем, что, если не будет выбранной роли для соседнего повторяющегося элемента, любой нейтрально развивающийся сигнал (например, нефункционально выбранный) повторяющихся элементов будет потерян, поскольку дивергенция Luciolinae, Lampyrinae и Elateridae. Чтобы проверить это ожидание / предположение и учесть опасения рецензентов, мы оценили, соответствуют ли повторяющиеся элементы +/- 100 Kbp локуса Luc1, Luc2 и IlumLuc и каркаса IlumLuc 9654 в P.pyralis, A. lateralis и I. luminosus , соответственно, обнаруживают любые признаки синтении / ортологии между тремя видами и внутри них через BLASTN с порогом оценки 1e-5. Мы не обнаружили никакого сходства соседних повторяющихся элементов I. luminosus Luc с повторяющимися элементами двух светлячков. Между светлячками мы не находим соседние повторяющиеся элементы Люка, которые похожи между двумя видами, но внутри двух видов светлячков и внутри I.luminosus , мы действительно находим повторяющиеся элементы, которые подобны между локусами Luc1 и Luc2, а также IlumLuc и Scaffold 9654 соответственно. Эти повторяющиеся элементы могли быть вовлечены в первоначальные или возможные последующие перестройки с участием этих локусов. Предполагаемый элемент TE находится выше локуса P. pyralis Luc1, но TE и его кодируемая ORF (полученная от близких родственников в геноме, поскольку ORF конкретного элемента выше Luc1 сдвинута рамкой) не иметь какое-либо сходство последовательности с известными повторяющимися элементами или с любыми белками в общедоступных базах данных.Короче говоря, хотя было бы интересно исследовать роль определенных повторяющихся элементов в эволюции этого локуса, в настоящее время нет четкого понимания. Мы планируем вернуться к этому в отдельной рукописи.

    Полные обзоры прилагаются ниже, но вам нужно учитывать только резюме и важные моменты, приведенные выше.

    Рецензент № 1:

    […] 1) Тот факт, что для всех трех видов жуков, баллы полноты BUSCO аннотированных наборов генов ниже, чем для оценок сборки, предполагает, что, несмотря на, казалось бы, хорошо разработанные стратегии аннотаций, им не удалось создать автоматические аннотации лучшего качества для этих сборок.Поскольку конвейеры аннотаций используют гораздо больше доказательств, чем BUSCO (который просто использует профили с Августом), они обычно создают аннотации наборов генов, которые набирают больше очков или так же хороши, как прямая оценка сборок, например в Приложении 4 — таблица 3 Dmela от 99,4% до 99,8%, Tcast от 98,4% до 99,0%. При этом полнота набора генов по-прежнему достаточно хорошая, и основное внимание в исследовании уделяется ограниченному набору генов, для которых проводилось ручное лечение, поэтому это не должно существенно повлиять на основные выводы, но, вероятно, тем не менее, должно быть отмечено. .

    (Адресовано в ответ на существенные изменения).

    2) Обозначить все три как «высококачественные геномы», возможно, будет немного натянуто.

    Мы сняли этот ярлык. (Адресовано в ответ на существенные изменения).

    3) Очень высокие уровни дублированных BUSCO в наборах генов Dmela и Tcast в Приложении 4 — таблица 3, кажется, предполагают, что альтернативные транскрипты не были сначала отфильтрованы из наборов генов. Чтобы получить надежные оценки реальных дупликаций генов, аннотации должны быть сначала отфильтрованы, чтобы выбрать один репрезентативный белок для каждого гена.Другие виды могут быть менее затронуты этим, поскольку у них, вероятно, не много аннотированных альтернативных транскриптов (проблема также для анализа ортологии, см. Ниже). Это необходимо исправить, чтобы выводы об уровнях дупликации генов основывались на надежных и аналогичных анализах.

    Рецензент прав, мы исправили эту проблему в повторно представленной версии (более подробную информацию см. В разделе «Ответ на важные версии»).

    4) Рисунок 2F. Процентные показатели BUSCO C и D, похоже, не соответствуют представленным в приложении 93.7% против 94,8% и 1,3% против 1,4%.

    Мы ценим тщательную проверку рецензента. Действительно, значения на Рисунке 2F для Ilumi1.2 еще не были обновлены по сравнению с предыдущей версией. Мы исправили эту проблему.

    5) Цифры, представленные как часть анализа ортологии, сбивают с толку. Например, общее количество видов на рис. 2E не совпадает с тем, что указано в тексте (числа в тексте намного больше). Это можно объяснить, если на рисунке показаны только сгруппированные гены (а не все гены), но если так, то это не очень хорошо объяснено и отсюда путаница.Гораздо большее беспокойство вызывает общее количество генов на рисунке 2E для Drosophila melanogaster, 16991 ген — как это может быть, если текущая аннотация на FlyBase содержит только 13931 ген, кодирующий белок? Приложение 4 — рисунок 8 дает ключ к разгадке того, как это могло быть, поскольку оно показывает 8 изоформ (альтернативных транскриптов) одного гена D. melanogaster. Это предполагает, что при кластеризации ортологии сначала не выбирался один белок на ген, процедура, которая является более или менее стандартной для большинства подходов к разграничению ортологии.Я не знаком с внутренним устройством OrthoFinder, поэтому, возможно, уже обозначенные кластеры можно отфильтровать для удаления альтернативных транскриптов, но я подозреваю, что было бы более строго выполнить повторную кластеризацию с использованием предварительно отфильтрованных наборов генов.

    Действительно, альтернативные наборы данных, отфильтрованные изоформ, не использовались, и эта проблема была решена путем повторного запуска анализа OrthoFinder с должным образом отфильтрованными наборами данных для D. melanogaster и T. castaneum (более подробно рассматривается в основных версиях).Как отмечает рецензент, диаграммы Венна ортогрупп показывают перекрытия ортогрупп (которые содержат 1 или более генов данного вида), а не сами гены, поэтому # не будут точно совпадать. Мы обновили панель рисунка 2E, чтобы показать гены, а не ортогруппы. Приложение 4 — рисунок 1, хотя оно было обновлено для нового анализа, все еще показывает ортогруппы.

    6) Рисунок 3D. Я не нашел упоминания о размерах регионов, не показанных для Ppyr1.3 LG1. Первый, который вы можете проработать, должен охватывать от 28400 до 30700 (то есть 2300), второй — от 30800 до 67450 (то есть немного меньше 36650).Учитывая размер, особенно второго, для читателя было бы правильнее явно обозначить их и, возможно, также подсчитать количество генов в этих областях.

    Масштабная линейка в правом нижнем углу рисунка 3D показывает масштаб для всех трех геномов: интервал между отметками указывает 25 kb. Приносим извинения за искажение рисунка 3D, но на рисунке 3D есть 3 области Ppyr1.3 LG1. Мы изменили эту цифру для большей ясности.

    7) Рисунок 3.Плотность фигуры затрудняет определение, но может ли быть так, что ориентация PpyrMGST инвертирована в 3B по сравнению с 3D? Кроме того, может быть отсутствие PACS в 3B для A. lateralis?

    Рецензент прав, версия PpyrMGST, показанная на Рисунке 3B, была неправильно ориентирована и теперь обновлена. Ориентация фигуры 3D была правильной. Для простоты мы не показали все гены на рисунке 3B и добавили предложение к легенде рисунка, чтобы сообщить об этом.

    8) Рисунок 4B. Я должен предварять эти следующие несколько комментариев тем фактом, что я знаком с подходами PAML codeml, но не с подходом HyPhy aBSREL. Я попытался почитать об aBSREL, но не смог легко найти хорошую документацию о том, как интерпретировать результаты. Основная причина, по которой я был сбит с толку, заключается в том, что я не знаю, как интерпретировать значение омега 147,67, помеченное на ветке к LlumLuc + PjanLuc [написав это, а затем посмотрев на фактическое дерево aBSREL, я понял, что эта метка на самом деле относится к к ветке голубой звезды — так что, если я неправильно это понял, то и другие тоже].Хотя этот узел не является основным результатом, такое высокое значение омега кажется странным (если действительно омега представляет здесь dN / dS), поскольку оно подразумевает оценки по этой ветви примерно в 150 раз больше несинонимичных изменений, чем синонимичных изменений. Я предполагаю, что при небольшом количестве сайтов (1,53%) соотношение может быть заоблачным. В каком случае имеет смысл указывать это значение на рисунке? На самом деле кажется, что результаты aBSREL на github, а в статье aBSREL они обычно не показывают ничего выше, чем omega = 10.

    Да, небольшое количество сайтов, кажется, является основной причиной столь больших значений омега.Теперь мы показываем значения LRT в дополнение к значениям омега, чтобы облегчить интерпретацию читателем. Мы полагали, что отказ от показа ветвей, выбранных синей звездой, приведет к искажению результатов, и теперь добавили к основному тексту предложение, в котором рассматривается возможная интерпретация этих ветвей. Более подробное объяснение нашей интерпретации этих ветвей голубых звезд представлено в основных исправлениях.

    9) Знакомясь с aBSREL, я отметил в статье 2015 года, что в нем говорится, что «более 80% ветвей в типичных генных филогениях могут быть адекватно смоделированы с помощью одной модели отношения ω».Анализ aBSREL люцифераз Elateridae и PACS выявил 20 ветвей с двумя классами скорости и 17 — с одним — так является ли это дерево генов особенно нетипичным? Или здесь что-то еще происходит?

    Мы действительно полагаем, что в дереве генов люциферазы происходит большой отбор (начальная неофункционализация — а затем непрямой / половой отбор в сторону определенных окрасов). Таким образом, это семейство генов может быть необычным, да по сравнению с типичной филогенетикой генов, большинство генов которой проходит только очищающий отбор и не пересекаются с половым отбором.

    10) Рисунок 4B. Второй вопрос, который сразу же пришел в голову — как эти результаты сравнивать с аналогичными тестами, использующими вместо этого PAML? Например, PMID: 28094282 сообщает о результатах обоих подходов для неофункционализации Caf1-55 после дублирования. Подтверждение такого рода, даже просто в приложении, могло бы успокоить тех, кто, как и я, еще относительно плохо знаком с aBSREL.

    Мы провели анализ PAML в дополнение к анализу aBSREL и представили результаты в Приложении 4, подраздел «Тестирование предкового отбора предковой люциферазы elaterid» (рис.4Б) ». Результаты PAML подтверждают высокие темпы развития этих ветвей.

    Мне не удалось получить доступ к файлам на FigShare, поэтому я не мог сам посмотреть на данные — с тех пор, как написал, что теперь у меня есть доступ. Однако это несколько усугубило мое замешательство: легенда на рис. 4 утверждает, что было 3 ветви со значительным (p <0,001) свидетельством положительного выбора, но файл aBSREL_stout_results.txt сообщает только об одной (PangLucV) с p <0,001.

    Рецензент прав, это опечатка (предыдущая версия анализа с меньшим количеством генов в дереве действительно показала, что ветвь предковой люциферазы elaterid была значимой при p <0.001). Правильное пороговое значение для самого последнего анализа - p <0,01. Хотя в тексте приложения упоминается правильное отсечение p-значения, на самом деле основной текст был неправильным и теперь был обновлен.

    11) Другой вопрос, который возникает на рис. 4, заключается в том, почему анализ молекулярной адаптации был проведен только на Elateridae (плюс PpyrLuc1 в качестве внешней группы)? Означает ли это, что остальная часть дерева не показывала сигналов об эпизодическом положительном отборе или это не было исследовано? Или была какая-то техническая причина, по которой это не было выполнено, например.г. слишком много веток для тестирования?

    Мы не проводили этот анализ из-за необходимости большего отбора таксонов Rhagophthalmidae и Phengodidae, чтобы избежать вводящих в заблуждение результатов (рассмотрено в ответ на существенные изменения).

    Даже если тесты не смогут идентифицировать какие-либо значимые сигналы эпизодического положительного отбора, не будет ли интересно изучить аминокислоты в выравнивании, которые являются общими для всех / большинства люцифераз, но не среди PACS / ACS, т.е. события неофункционализации сошлись на общем или немного отличающемся молекулярном решении люциферазной активности? Как выглядят остатки, ранее связанные с активным сайтом или щелью? Подбирают ли тесты сайта (а не тесты ветвей) какие-либо из этих потенциально интересных положений аминокислот?

    Мы согласны с тем, что это интригует, и планируем рассмотреть его в отдельной рукописи с большим количеством таксонов и экспериментальным анализом.Ограниченное исследование выбранных сайтов EAncLuc теперь присутствует в рукописи (также адресовано в ответ на Essential revisions).

    12) Определение субфункционализации. Лично меня не слишком смущает использование субфункционализации для описания дифференциации светлячков Luc1 и Luc2. Тем не менее, в некоторых кругах (и, возможно, в большей степени при обсуждении ферментов в частности) субфункционализация будет более строго относиться к наследственной функции, распределяемой между дубликатами — i.е. наследственная функция теперь может выполняться только посредством совместной работы обеих существующих копий. В этом случае предковой (молекулярной) функцией является активность люциферазы, а (молекулярные) функции Luc1 и Luc2 все еще являются активностью люциферазы. Что отличает их, так это то, где и когда они выражаются, то есть расхождение функций между двумя копиями происходит с точки зрения экспрессии, а не молекулярной функции. Поэтому, возможно, было бы целесообразно прояснить это или вообще отказаться от использования субфункционализации.

    Мы понимаем озабоченность рецензентов. Описание изменений функций в биологии — сложное пересечение онтологии и общего понимания. В нашем случае мы следуем определению субфункционализации, данному в обзоре Innan, H., and Kondrashov, F. (2010). Эволюция дупликаций генов: классификация и различение моделей. Nature Reviews Genetics 11 , 97–108. В этом обзоре расхождение функций с точки зрения паттернов экспрессии рассматривается как субфункционализация.Но точка зрения о разделении наследственных ролей понятна. Предок Luc1 и Luc2 мог или не мог участвовать как в роли передачи сексуальных сигналов, так и в роли «свечения» / потенциальной апосематической роли. Мы изменили предложение, чтобы прямо указать на это. Мы воспроизводим эту фразу ниже для удобства рецензентов: «субфункционализирован в своем паттерне экспрессии транскрипта, чтобы дать начало Luc2».

    13) Сборка длинночитываемых последовательностей генома светлячка Pyrocoelia pectoralis.Fu et al., 2017. Эта совсем недавняя публикация данных дает возможность по крайней мере исследовать локус Luc1 у второго Lampyridae.

    Мы исследовали этот локус Luc1 в геноме Pyroceolia pectoralis от Fu et al. Поскольку ни один из избыточных гаплотипов не был отфильтрован из этой сборки, интерпретировать это было немного сложно. Но локусы Luc1 очень похожи на локусы P. pyralis Luc1 (как и следовало ожидать, поскольку и Photinus pyralis , и Pyroceolia pectoralis являются светлячками подсемейства Lampyrinae).Мы добавили предложение и цитату к основному тексту, в котором подчеркивается ценность сборки генома Pyroceolia pectoralis для будущих исследований.

    Уровень детализации, представленный в приложении, ошеломляет рецензента (я не прочитал все 140 страниц), но в то же время он очень ценится, поскольку он четко документирует подробную справочную информацию и методы. Я бы хотел, чтобы больше рукописей было хорошо подкреплено такими подробными дополнительными материалами.В подразделе «Опсин-анализ» остались комментарии в MS Word.

    Мы благодарим рецензента за высокую оценку дополнительных материалов. Действительно, мы надеемся, что дополнительная информация будет адекватным описанием всего процесса такой сборки / аннотации генома и сравнительного анализа геномики. Мы продолжаем изменять и корректировать дополнительную информацию и планируем (если она будет принята) работать с редакторами eLife , чтобы дополнительная информация была хорошо отформатирована для читателей.Несмотря на то, что мы дважды проверили удаление комментариев MS Word перед первоначальной отправкой, мы приносим извинения за то, что некоторые проскочили, и гарантируем, что дальнейшие комментарии не будут включены в повторно отправленную версию.

    Наконец, характеристика холобиомов трех видов и идентификация предполагаемых симбионтов, паразитоидных мух, а также бактерий и вирусов: это обнадеживает, поскольку (а) это предполагает всеобъемлющий скрининг на загрязняющие вещества и (б) «загрязнители» на самом деле могут быть очень интересными!

    Благодарим рецензента за его оценку.Мы согласны, многие из загрязнителей были довольно интересными, особенно в случае мух-паразитов, неожиданными!

    Рецензент № 2:

    В этой рукописи Fallon et al. изучить эволюцию биолюминесценции у жуков, сосредоточив внимание на недавно созданных геномных и транскриптомных данных для двух отдаленно родственных видов светлячков в сравнении с биолюминесцентным жуком-щелкуном. Эта работа является очень всеобъемлющей и включает множество методов секвенирования для создания приличных и высококачественных геномных сборок, подтвержденных эмпирическими данными, начиная от тканеспецифической секвенирования РНК и бисульфитного секвенирования до масс-спектрометрии и анализа холобионтов.Вывод о том, что биолюминесценция была получена независимо у линий светлячков и щелкунов, убедительно подтверждается филогенетическими, синтеническими и предыдущими (анатомическими) результатами. Ключевым преимуществом этой работы является комплексный подход к изучению этой эволюционной новизны, включая обсуждение того, какие биохимические компоненты могли быть предковыми и предшествовать независимому приобретению ассоциированных субтитров, необходимых для полного проявления биолюминесценции жуков. Я также высоко оценил усилия, предпринятые для оценки синтении в довольно старых линиях, которые испытали изрядное количество перетасовок генов.Обширные дополнительные отчеты и файлы содержат подробную документацию о работе. Чтобы усилить рукопись для публикации, есть несколько мест, где анализы могут быть округлены (особенно по трем видам, чтобы текст был менее ориентирован на P. pyralis), где изложение материала следует отшлифовать для ясности. и для наилучшего охвата более широкой читательской аудитории, и где необходимо устранить несколько (очевидных) противоречий.

    Благодарим рецензента за положительную оценку.Действительно, анализ синтении в таких древних разногласиях поставил под сомнение предположения авторов во время подготовки, но мы полагаем, что нынешнее представление является точным.

    Конкретный анализ округления:

    1) В поддержку эволюционного сценария, представленного на Рисунке 3B, и в свете довольно высокого повторяющегося содержания у P. pyralis (42,6%), обнаруживают ли авторы какие-либо предвестники повторяющихся или сменных последовательности элементов, фланкирующие либо Luc1, либо Luc2 в любом из P.pyralis или A. lateralis?

    Хотя мы действительно обнаруживаем повторяющиеся элементы Harbinger в геномах светлячков, они не обнаруживаются рядом с локусами Luc1 / Luc2 ни у одного светлячка. Мы далее обсуждаем потенциальную роль повторяющихся элементов в эволюции локусов Luc в основных версиях.

    Пожалуйста, сделайте межвидовые оценки более доступными здесь и в других местах. Хотя общее повторяющееся содержание P. pyralis указано в основном тексте, похоже, что единственный способ определить это для A.lateralis и I. luminosus вручную суммируются последние столбцы Приложения 2 — таблица 2 и Приложение 3 — таблица 3 глубоко внутри приложения.

    Мы добавили статистику повторного содержания A. lateralis и I. luminosus к основному тексту.

    2) Поскольку повторяющееся содержимое P. pyralis может быть завышено из-за гетерозиготности (предложено дубликатами BUSCO), можно ли добавить этап фильтрации или иным образом учесть уровни гетерозиготности, чтобы сделать более точным оценка повторной нагрузки?

    (Адресовано в ответ на существенные изменения).

    3) Учитывая длины ветвей на рисунке 3C, является ли Luc2 более медленно эволюционирующим / сохраняющимся, чем Luc1? Пожалуйста, выполните тот же анализ молекулярной адаптации светлячков Luc1 и Luc2, как показано на рисунке 4B для генов Luc линии жуков-щелкунов.

    Да, интерпретация дерева состоит в том, что Luc2 больше похож на AncLuc, чем Luc1 на AncLuc. Это было описано в ранней молекулярной филогенетике Luc2, поэтому мы не касались этого напрямую. Наш ответ на запрос рецензентов о проведении более глубокого анализа молекулярной адаптации люцифераз светлячков рассматривается в основных исправлениях.

    4) Учитывая осторожность, с которой гены P450 были идентифицированы и курировались у P. pyralis, предоставьте документацию, гарантирующую, что такой же уровень осторожности использовался при оценке P450 у двух других видов, что особенно важно (а) для поддерживают утверждение о специфическом для P. pyralis расширении семейства CYP303 и (б) в свете некачественной сборки I. luminosus.

    P450 из P. pyralis были названы и проанализированы вручную. P450 модели I.luminosus и A. lateralis не были названы вручную, так как это трудоемкий процесс, который дал бы незначительную выгоду для интерпретации. Даже в случае вручную названных генов P. pyralis P450, окончательные генные модели в значительной степени основаны на упомянутых аннотациях набора генов, которые являются исчерпывающими и одинаково применяются для разных видов.

    Чтобы устранить озабоченность обозревателей по поводу того, что расширение CYP303 не отражено в A. lateralis и I.luminosus , мы выполнили TBLASTN-анализ CYP с оценкой 1e-5 против этих двух геномов. Это показало, что все tblastn hsps уже были захвачены в моделях генов CYP из официальных наборов генов, поддерживая специфическую экспансию CYP303s в P. pyralis .

    Также убедитесь, что соответствующие дополнительные разделы действительно цитируются в разделе основного текста на P450.

    Мы добавили ссылку в дополнительный раздел P450 из дополнительного раздела к официальной аннотации кодирования генов.Мы считаем, что нет необходимости цитировать использование официального набора генов при каждом использовании в основном тексте.

    И наконец, как были определены псевдогены?

    Псевдогены определяли по мутации аминокислот, которые консервативны во всех функциональных P450. Это заявление было добавлено в дополнительный раздел аннотаций P450.

    5) Что касается ферментативной (не «ферментологической», Введение, последний абзац) основы биолюминесценции, высокоэффективные ферменты с высокой стабильностью белка также не обязательно должны быть сильно экспрессированы на уровне транскриптов.Анализ, представленный на рисунке 6, плодотворно рассматривает четыре критерия отбора генов-кандидатов, но одни только другие три критерия без высокой экспрессии уже являются информативными. Удаление критерия высокой экспрессии увеличило бы вдвое количество потенциальных генов-кандидатов. Находят ли авторы среди этого множества важных кандидатов?

    Спасибо, мы изменили термин «энзимологический». Мы согласны с тем, что определенно возможно, что ферменты, которые не имеют высокой экспрессии (HE), могут быть непосредственно вовлечены в биолюминесценцию.В конце концов, HE — это произвольная отсечка. При этом ткань фотофоров светлячков очень специализирована для производства света: например, люцифераза является вторым по экспрессии транскриптом. Использование критериев HE снижает количество генов до разумного уровня, подходящего для непосредственного представления в рукописи в виде основной текстовой таблицы, а также является хорошим «коротким списком» для функционального последующего наблюдения. Но мы согласны с тем, что другие пересечения в нашем анализе могут быть интересными. Чтобы устранить озабоченность рецензентов, мы теперь предоставляем файлы Excel в файле FigShare на рис. 5, в которых перечислены дополнительные пересечения анализа.Файл excel «annot_DE-Es» специально обращается к запросу рецензентов и восстанавливает в целом 81 ортогруппу. Трудно определить, важен ли кандидат, но с первого прохода ничего не выскакивает.

    Несмотря на то, что в текущем анализе подтверждены два ожидаемых гена-кандидата, при представлении данных следует позаботиться о том, чтобы не возникло впечатления о сборе данных. Два гена составляют довольно небольшую лакмусовую бумажку. Не были ли найдены другие ожидаемые кандидаты?

    Приносим свои извинения за то, что мы потенциально представляем данные таким образом, что это может быть воспринято как выбор вишни.По правде говоря, ферменты, участвующие в биолюминесцентной системе светлячков, недостаточно хорошо описаны, поэтому у нас не так много кандидатов для использования в качестве «положительного контроля». На свидание. Есть только 3 фермента, которые, как сообщается, связаны с биолюминесцентной системой светлячков: люцифераза (de Wet et al., 1985), люциферин-регенерирующий фермент / LRE (Gomi et al., 2001) и LST (Fallon et al., др., 2016). По мнению автора, только люцифераза и LST однозначно связаны с люминесцентной системой светлячков.Ортологи LRE не экспрессируются ни высоко, ни дифференциально в световом органе P. pyralis или A. lateralis , ортологи LRE обнаружены у не светлячков (данные не показаны), а в недавних рукописях было трудно воспроизвести оригинал. ферментативная характеристика фермента, регенерирующего люциферин, как фермента, катаболизирующего оксилюциферин, вместо этого приписывая неясную косвенную роль, включающую измененные окислительно-восстановительные потенциалы (Hosseinkhani, S., Emamgholi Zadeh, E., Sahebazzamani, F., Ataei, F., и Hemmati, R. (2017). Кристаллическая структура люциферин-регенерирующего фермента решена, но его функция до сих пор неясна. Фотохимия и фотобиология 93 , 429–435.). Мы считаем, что характеристика LRE как фермента, катаболизирующего оксилюциферин, который играет ключевую роль в биолюминесценции светлячков, неоправданна, и лично не верим в его заявленную функциональную роль в фонаре светлячков. Но мы считали, что «использование текста» в основном тексте, оспаривая предположения о LRE в текущей литературе в нашей рукописи, будет отвлекать, и поэтому решили не делать этого.С другой стороны, обсуждение ЖРД, не оспаривая его роль, по нашему мнению, увековечивает его плохо поддерживаемую (и, по нашему мнению, неверную) функциональную роль. Короче говоря, мы считаем, что люцифераза и LST — единственные известные гены, которые могли бы соответствовать нашим 4 критериям, и, безусловно, они соответствуют. Для других описанных неферментных генов, например белок, связывающий жирные кислоты (Goh and Li 2011), и связывающий октопамин секретируемый гемоцианин (Nathanson et al., 1989), они не упоминались в основном тексте, поскольку они не являются ферментами, но мы включаем их в Приложение текст с соответствующими цитатами.

    6) С точки зрения как филогении, так и синтении, я не нахожу обозначенную кладу C (рис. 3C-D) хорошо мотивированной как отдельную кладу.

    Этот комментарий непонятен авторам. Мы полагаем, что Clade C хорошо подтверждается представленным деревом генов максимального правдоподобия на рисунке 3C. Например, все узлы в Clade C имеют значение начальной загрузки> 90%. Кроме того, Clade C действительно соответствует определению Clade: монофилетическая группа произошла от одного общего предка.Мы согласны с тем, что было бы более убедительно, если бы гены P. pyralis Clade C были колокализованы с локусом Luc1, как они находятся в локусе A. lateralis , но синтения сама по себе недостаточна, чтобы утверждать, что гены находятся внутри клады, и, наоборот, отсутствие синтении не опровергает нахождения генов внутри клады, поскольку реаранжировка / реорганизация генов могла произойти и, очевидно, действительно имела место. Если рецензент вместо этого утверждает, что Clade C должен быть основан на более древнем узле, таком как узел, который является предком текущего LCA Clade C, это нормально, хотя это не меняет результатов (фактически, мы изменили Clade C на это определение в повторно представленной версии).Мы предполагаем, что беспокойство рецензента может быть связано с близостью Clade C к элатеридным люциферазам и их близкородственным гомологам. Но цель Clade C состоит в том, чтобы очертить те гены, которые произошли от гена Clade C, который присутствовал в локусе Luc1 у предкового светлячка Lampyrinae-Luciolinae (рис. 3B), а не предка Clade-C, который присутствовал у обоих Elateridae. и Lampyridae. Таким образом, переопределение Clade C от более древнего LCA потеряло бы цель, которую мы определили для Clade C: кладу, которая определяет гены, которые происходят от генов, которые когда-то присутствовали в локусах, ортологичных предковой люциферазе / Локусы Luc1 (и не являются частью линий передачи Clade A и Clade B).Мы произвели новый Clade, Clade D, содержащий гомологи люциферазы elaterid, чтобы дополнительно прояснить это различие.

    Аспекты реструктуризации или уточнения:

    1) Перепродажа текста контрпродуктивна и ненужна. Трижды цитируя Дарвина на протяжении всей рукописи (Введение и Обсуждение), чтобы подчеркнуть исторический интерес и предположения о независимом происхождении биолюминесценции у жуков, противоречит необоснованному утверждению в Резюме, что это «спорная» гипотеза.

    Хотя действительно есть аспект построения повествования и акцента, представляющий общий интерес в нашем цитировании Дарвина, мы также утверждаем, что это актуальная и интересная историческая подоплека вопроса, и поэтому мы не удалили эти исторические ссылки. . Напротив, мы удалили утверждение о «спорной» гипотезе (рассмотрено в «Существенных исправлениях»).

    Действительно, цитируются несколько недавних исследований, которые уже подтвердили эту гипотезу, включая статью 2016 года того же первого автора.

    (рассматривается в существенных изменениях).

    Точно так же превосходные утверждения в первом абзаце об интересе и важности биолюминесценции светлячков сомнительны по сравнению с GFP от медуз. Было бы полезно использовать более последовательный и мягкий тон.

    Хотя мы согласны с тем, что GFP был революционным инструментом для биомедицинской науки и почти наверняка используется более широко, чем люцифераза, у нас есть некоторые ответы на это конкретное утверждение: хотя GFP действительно участвует в нативной системе биолюминесценции Aequorea victoria через FRET с эккорином, восстановленное использование GFP в биомедицинских исследованиях чаще всего является случаем флуоресценции, а не подлинной биолюминесценции.Что касается подлинной биолюминесценции, мы считаем, что люцифераза светлячков является наиболее широко используемым вариантом, и что наши утверждения хорошо подтверждаются.

    Судя по данным, сборка генома P. pyralis действительно высокого качества, но, хотя сборка A. lateralis хороша, она не так хороша и, конечно же, не на одном уровне с Tribolium castaneum (подраздел «Секвенирование и выход сборки»). высококачественные геномы », второй абзац, на основе числа каркасов и статистики NG50 на Рисунке 2F).Ортогрупповой анализ на рисунке 1E не показывает разительной разницы в количестве общих OG у двух светлячков по сравнению со всеми тремя видами или попарно между светлячком и жуком-щелкуном, хотя существует большое количество OG, специфичных для жуков-щелкунов.

    Мы переделали рисунок 2E и переосмыслили результаты в основном тексте. (Другие аспекты переназначения ортогруппы рассмотрены в разделе «Существенные изменения»).

    2) Хотя отдельные панели с фигурами, как правило, довольно хороши, организация фигур очень плохая.Насколько я понимаю, основной текст относится к материалу в последовательности 1A, C, B, 2F, E, A, B, D, C, 3C, A, D, B, 4, 6 перед 5, затем 5B. , A, C, D. Измените порядок.

    Мы переупорядочили панели на Рисунке 1, переставили Рисунки 5 и 6. Для Рисунков 3, 2, 5 эти фигуры определены горизонтальными панелями, что ограничивает организацию панелей.

    Подумайте, действительно ли 3А соответствует этому разделу рукописи.

    Мы переоценили роль 3A.Мы думаем, что эта химическая схема помогает наивному читателю понять ферментативную функцию люциферазы светлячков и ее предков.

    Точно так же осторожность при изображении мотива PTS1 на Рисунке 3 окончательно объяснена только намного позже в основном тексте (подраздел «Метаболическая адаптация фонаря светлячка», второй абзац).

    Включение PTS1 теперь объясняется в легенде на Рисунке 3.

    Я также обнаружил, что фигуры очень плотные, визуально, с недостаточным свободным пространством между панелями и с некоторыми элементами, слишком маленькими даже при просмотре в цифровом виде при размере печати> 2x.

    Мы работаем над тем, чтобы рисунки были представлены в векторном формате с высоким разрешением, подходящем для цифрового масштабирования. Мы попытались переформатировать фигуры, чтобы между панелями оставалось дополнительное свободное пространство.

    Например, стрелка к органам жука-щелкуна в 1С слишком мала и при физическом прикосновении к тому, на что он указывает, скрывает, а не выделяет.

    Мы увеличили размер стрелки на рис. 1C и переместили ее так, чтобы она не закрывала фонарь.

    Потребовалось несколько проходов, прежде чем я нашел этикетку Ppyr LG1 над схемой в 3D.

    Приносим извинения за нечеткость этого рисунка. Было непросто представить все синтенические локусы на одной панели рисунка, не занимая при этом очень большого пространства. Мы признаем, что цифры очень плотные, и для их полного понимания требуется несколько проходов. Мы надеемся, что, предоставив несколько рисунков в общем согласованном формате (например, совместное представление и сопоставление цветов на рис. 3B, C, D), в конечном итоге «лес» синергетической интерпретации анализа будет легче уловить, чем «Деревья» из отдельных панелей.

    И я изначально ошибочно принял кавычки в таблице на рис. 6 за пропуски, а не за «то же самое».

    Для большей ясности мы добавили дополнительные пояснения к легенде рисунка.

    3) Я обнаружил, что степень, в которой читатель постоянно обращается к дополнению, без какого-либо основного текстового раздела «Материалы и методы», очень расстраивает.

    Приносим извинения за разочарование рецензента. Это был преднамеренный выбор при промежуточном написании и рецензировании рукописи, и мы действительно надеемся решить проблему окончательной реорганизации методов с помощью редакторов eLife (рассматривается в Essential revisions).Причина этого выбора заключалась в следующем: наличие раздела «Материалы и методы», представляющего собой «разбавленную» версию приложения, привело к двум проблемам: (1) вопрос о том, какой анализ заслуживает места в основном тексте «Материалы и методы», (2 ) Проблема обеспечения синхронизации (сокращенных) основных текстовых методов с более длинными дополнительными методами. В долгосрочной перспективе было потрачено много усилий на то, чтобы поддерживать в актуальном состоянии как Приложение, так и методы основного текста, и в конечном итоге эти два раздела были рассинхронизированы, что привело к тому, что мы полностью сосредоточились на информации из Приложения для простоты.

    Было бы полезно разумное включение в основной текст ключевых особенностей, в том числе: указание, что система определения пола — XO (подраздел «Секвенирование и сборка дает высококачественные геномы», третий абзац).

    Мы добавили это.

    Что в «целевом анализе молекулярной эволюции» используется конкретный, цитируемый конвейер (Мескит, доп. Ссылка 213, для основного текстового подраздела «Независимое происхождение люциферазы светлячков и жуков-щелкунов», последний абзац).

    Мы изменили это предложение на множественное число, так как целевой анализ молекулярной эволюции относится как к наследственной реконструкции, так и к анализу отбора. При этом в следующем предложении теперь есть ссылка на мескитовый камень.

    Учитывается ли весь белок (или локус гена?) В анализе молекулярной адаптации.

    Мы добавили ссылку на «использование кодирующей нуклеотидной последовательности»

    Какие нелюминесцентные ткани были использованы (подраздел «Метаболическая адаптация фонаря светлячка», первый абзац).

    Это зависит от двух видов, поэтому для краткости его лучше указать в разделе «Материалы и методы».

    Какая версия BUSCO / таксономическая группа / количество генов использовалась (легенда на Рисунке 2) и т. Д.

    Это добавило эту информацию к легенде на Рисунке 2.

    4) Дополнение обширно и хорошо структурировано, но, пожалуйста, доработайте его. Например, удалите устаревшие изменения / комментарии к треку, при необходимости сделайте перекрестные ссылки на разделы (например,g., для P450 для каждого вида и в сравнительном анализе), и убедитесь, что информация представлена ​​в ясной форме.

    При необходимости мы добавили дополнительные ссылки в Приложение.

    Например, основной текст нечетко описывает природу небиолюминесцентных тканей, используемых для анализа DE, однако список библиотек в Приложении 1 — таблица 1 основан на непрозрачных внутренних идентификаторах («OAG»?), Которые затрудняет определение типа ткани или количества биологических повторов.

    В обновленной версии мы переместили анализ дифференциальной экспрессии Sleuth в Приложение 4, подраздел «Сравнительный анализ дифференциальной экспрессии RNA-Seq (рисунок 5)». Приложение 4 предназначено для представления «сравнительного геномного» или межвидового анализа, и анализ DE попадает в эту категорию. Раньше он был в Приложении 1 (анализ P. pyralis ), что не подходило. В этом разделе теперь явно перечислены ткани, между которыми проводилось сравнение. Для каждого условия использовали 3 биологические повторы.OAG — это «другие дополнительные железы», и теперь он присутствует в легенде таблицы. Мы не можем изменить эти идентификаторы, так как это наборы данных из ранее опубликованных рукописей.

    Точно так же, хотя я ценю детали, представленные в структуре гена в Приложении 4 — рисунок 4, * или другие аннотации для выделения идентичностей упростят оценку выравнивания.

    Главное, что мы пытаемся сказать с помощью этого рисунка, — это полное сохранение границ интрон-экзон, поэтому для простоты мы не добавляли такую ​​идентификационную строку в Приложение 4 — рисунок 4.

    5) Рассматривайте широкий круг читателей и избегайте двусмысленного жаргона. Я все еще не уверен, как «эволюционные события» вписываются в «дальнодействующий» анализ Hi-C (подраздел «Секвенирование и сборка дает высококачественные геномы»).

    Согласны, эта формулировка непонятна. Мы перефразировали это, чтобы теперь сказать «генетическая структура дальнего действия», а не эволюционные события. Что касается эволюционных событий, нашим конкретным вопросом была возможность события дупликации на большие расстояния для Luc2 из AncLuc, о чем можно было бы предположить, обнаружив в отдельных группах сцепления.Еще один вопрос, который у нас был (но он не был записан, поскольку это был отрицательный результат), заключался в том, будут ли известные гены биолюминесценции кластеризоваться. Мы добавили раздел, посвященный этому.

    Предполагаемое значение термина «беспорядочные связи» (Обсуждение) неясно. Если один фермент может обрабатывать несколько субстратов (функционально неразборчивых), как это соотносится с «необходимостью» дупликации и субфункционализации для высокой специфичности? То, что существует множество возможностей синтеза для производства люциферина, не является «беспорядочным».

    При первом использовании этого термина мы действительно имеем в виду беспорядочную половую связь с субстратом. Во втором использовании термина мы заменили «беспорядочные половые связи» на «спорадические низкоуровневые», что лучше передает наше мышление.

    В легенде к рисунку 3 «Цветовые градиенты указывают на значения TPM для всего тела» не так доступны для небиоинформатиков, интересующихся эволюцией жуков, как «Цветовые градиенты обозначают уровни экспрессии генов (TPM) во всем теле». образцы… ». И аналогичные экземпляры (e.g., определите BSN-TPM в легенде к рисунку 6)…

    Мы ценим предложение рецензента и внесли эти изменения.

    6) Несмотря на то, что первый раздел результатов является достаточно кратким в качестве основы для последующих разделов, разрывы абзацев и поток текста в этом обширном разделе трудны для понимания и выиграют от сглаживания и текстовых переходов.

    Мы добавили дополнительные текстовые переходы для улучшения потока в первом разделе результатов.

    7) Пожалуйста, поясните, использовалась ли сборка генома или OGS для конкретных анализов (например, подраздел «Геномный контекст эволюции люциферазы светлячков», первый и второй абзацы). Неужели была de novo развертка самой сборки?

    Этот результат предсказан OGS, но он также является тем же результатом, который мы нашли во многих промежуточных анализах / расшифровках de novo. OGS в некотором смысле представляет собой сканирование сборки de novo / ab initio , поскольку наши OGS включают в себя результаты поиска гена ab initio Augustus.В общем, если мы не указываем источник генов в анализе, они взяты из OGS.

    8) Не все гены PACS / ACS, включенные в филогенез в 3C, показаны в 3D.

    Да, анализ синтении на рисунке 3D включает только те гены, которые совместно локализованы с Luc1 (для светлячков), и каркасы, которые содержат близкородственные гомологи для I. luminosus .

    Прокомментируйте, пожалуйста, номенклатуру генов и правила нумерации, используемые для представленных здесь таксонов.

    В рукописи задействованы два соглашения о нумерации генов.

    1) Систематическая официальная схема именования наборов генов (PPYR_00001-PA)

    2) Схема именования, удобочитаемая человеком (например, PpyrLuc1, PpyrPACS1,2,3 )

    В обоих случаях они пронумерованы в монотонном порядке возрастания слева направо (с использованием ориентации каркаса). В случае рисунка 3D для некоторых каркасов схема именования идет справа налево, так как на самом деле на рисунке показано обратное дополнение каркаса, чтобы соответствовать организации A.lateralis ортологичных локусов.

    И разбросаны ли гены, не изображенные в 3D, в геноме.

    Да, если эти гены не входят в диаграмму синтении, показанную на Рисунке 3D, они находятся за пределами этих локусов и, вероятно, обнаруживаются в различных местоположениях генома.

    9) Комментарий о потенциальных лизосомах и биологическом значении гена опсина, экспрессируемого в самом световом органе, неясен («Метаболическая адаптация фонаря светлячка», последний абзац).

    Мы считаем, что это интригующие результаты исследования, которые мы упоминаем вскользь, чтобы выделить их для будущих исследователей, но рассматриваем более глубокую характеристику, выходящую за рамки данной рукописи.

    10) Новые геномы постоянно появляются. Дайте ссылку на 62, упомянутые в последнем абзаце подраздела «Геномные идеи о химической защите светлячков».

    Мы добавили ссылку на OrthoDB. Новое значение: 94/97 секвенированных геномов крылатых насекомых имеют единственный ген семейства CYP303 в OrthoDB.

    11) Авторам было бы интересно и полезно немного расширить обсуждение возможной связи между биолюминесценцией и эволюцией люцибуфагина. Это ситуация с поясом и скобами, позволяющая быть вдвойне уверенной между расширением CYP303 и свечением всего тела, обеспечиваемым Luc2?

    Этот комментарий непонятен авторам. Экспансия CYP303 предположительно произошла после дупликации / субфункционализации генов и фиксации ролей Luc1-Luc2 (уже присутствующих и функционально эквивалентных существующим таксонам общего предка Luciolinae-Lampyrinae).Мы думаем, что более глубокое обсуждение связи апосематизма с биолюминесценцией лучше подходит для отдельной рукописи.

    12) T. castaneum является давно установленным видом насекомых для генетики и геномики и будет более подходящей с таксономической точки зрения внешней группой для анализа четырех видов ортогрупп, показанного в основном тексте на рис. 2E.

    Мы обновили рисунок 2E, добавив вместо него T. castaneum . Этот рисунок также был обновлен, чтобы показать перекрытия и числа генов, а не ортогруппы.

    Вопросы для согласования:

    1) Учитывая доступность свежего материала A. lateralis для таких приложений, как RNA-seq, я считаю слабым то, что измерения проточной цитометрии для этого вида основаны только на одном биологическом образце.

    Мы понимаем озабоченность рецензента. Мы пытаемся получить больше экземпляров A. lateralis для такого измерения, но существуют определенные практические проблемы, которые могут помешать своевременному завершению этого результата и, следовательно, его включению в повторно представленную версию.Между тем, мы добавили измерение размера генома на основе кмеров для A. lateralis в Приложение 2 — рис. 2. Размер, измеренный с помощью проточной цитометрии, составляет 940 Мбит / с, тогда как определение размера генома с помощью анализа Кмера составляет 772 Мбит / с. . Мы признаем, что эти значения сильно различаются, но мы подчеркиваем, что в большинстве работ по геному, по нашему опыту, измерение размера генома обычно обеспечивается с помощью анализа Кмера или проточной цитометрии, но не обоих сразу. Поскольку оба метода имеют систематические ошибки, которые не рассматриваются, а значения часто представлены как есть, даже без надлежащего учета экспериментальной изменчивости, мы утверждаем, что несоответствие в размере генома между двумя значениями связано с систематической ошибкой в ​​таких методах. и что поиск «точно правильного» измерения размера генома не будет информативным для основных выводов статьи.

    2) Если гены PACS дали начало генам люциферазы светлячков (рис. 3B), почему для IlumLuc предполагается противоположное направление эволюции (подраздел «Независимое происхождение люциферазы светлячков и жуков-щелкунов», первый абзац)?

    Перечитав эти строки, мы согласны с тем, что используемые термины были немного неясны относительно того, что мы пытались сказать. Мы говорим, что гены PACS произошли от генов, предшествующих IlumLuc (которые также были генами PACS — не указано). Мы перефразировали этот раздел для большей ясности.

    3) Каковы доказательства того, что IlumLuc сильно экспрессируется в брюшных фонарях (подраздел «Независимое происхождение люциферазы светлячков и щелкунов», первый абзац), если образец RNA-seq основан только на переднегруди (легенда к рисунку 3C)?

    У нас есть данные RNA-Seq как для переднегруди, так и для брюшной полости, оба из которых показывают высокие уровни экспрессии IlumLuc. Мы обновили рис. 3C, добавив дополнительную строку, в которой представлена ​​количественная оценка экспрессии как в брюшной полости, так и в переднегруди.

    Выше я привел обширные конкретные детали, но в целом проблема связана с оформлением, особенно с слишком плотными фигурами, с плохо упорядоченным и, возможно, несоответствующим материалом.

    Мы ценим беспокойство рецензента. Мы переоценили основные текстовые рисунки, чтобы удалить / уменьшить плотность рисунков, и продолжим рассматривать эти типы манипуляций после процесса проверки (рассмотренные в разделе «Основные изменения»).

    Рецензент № 3:

    eLife […] Некоторые (надеюсь, конструктивные) критические замечания заключаются в следующем.

    Различные методы секвенирования генома были использованы для построения данных для этого проекта, что привело к неравному качеству сборки. Это, возможно, влияет на анализ параллельной эволюции в семействе генов гомологии люциферазы (на основе белкового бласта), поскольку неправильно собранные или отсутствующие данные могут привести к смещению результатов в более ограниченном референсном геноме элатерид. Для подтверждения этих результатов можно использовать альтернативный подход к поиску этих генов, например, ПЦР или использование ATRAM с использованием необработанных считываний (https: // bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-015-0515-2)

    Мы благодарим рецензента за комментарии. Действительно, в незавершенном геноме всегда есть опасения, что что-то может быть пропущено или неправильно аннотировано. Но мы относительно уверены в качестве генома элатерид. Например, мы захватили прямые ортологи всех биолюминесцентных гомологов элатерид люциферазы, клонированных на сегодняшний день (например, PangPACS), а также двух ранее неизвестных гомологов (IlumPACS8 и IlumPACS9). IlumPACS8 и IlumPACS9 особенно информативны, поскольку они происходят от предкового гена к предковой люциферазе elaterid.Поскольку это геном на основе связанных считываний с ДНК, средний размер входной ДНК которого, согласно измерениям, составляет> 15 т.п.н., мы думаем, что мы создали каркас для большинства повторяющихся элементов размером 10 кбп.

    Если рецензент имеет в виду вырожденную ПЦР кДНК для обнаружения дополнительных гомологов люциферазы, то этот подход был ранее применявшимся подходом для открытия генов у элатерид, и мы будем утверждать, что открытие IlumPACS8 / IlumPACS9, опосредованное сборкой генома, демонстрирует, что мы одобрили этот подход. .Кроме того, некоторые гомологи люциферазы практически не экспрессируются с помощью RNA-Seq, поэтому подход, основанный на клонировании кДНК, будет очень трудным в этом или подобных случаях.

    Если рецензент имеет в виду вырожденную ПЦР геномной ДНК, мы утверждаем, что для тех генов, которые не могут быть захвачены в нашей сборке, они, вероятно, имеют очень длинные повторяющиеся элементы в интронах (например, 15 Kbp +) или тандемно дублированные структуры, что предотвратить подход на основе ПЦР при обнаружении.

    Для целевой сборки, такой как ATRAM, хотя мы согласны с тем, что целевые сборки могут быть хорошими для быстрой оценки данного семейства генов, мы думаем, что наша полная сборка генома использует дополнительную информацию, предоставляемую штрих-кодами связанного считывания (которые Supernova Ассемблер действительно использует), улучшает любой подход к сборке, который использует только краткую информацию для чтения.

    Чтобы устранить опасения рецензентов по поводу неправильной аннотации, мы провели поиск сборки Ilumi1.2 с использованием tblastn последовательности люциферазного пептида I. luminosus (значение отсечки = 1e-10). Такой тбластный поиск выявляет 49 каркасов. Мы вручную проверили HSP tblastn для каждого из этих 49 каркасов и их пересечение с существующими генными моделями, а также с данными о транскриптоме ab initio и de novo и данными о транскриптоме, управляемыми с помощью ссылок, и использовали это для ручного улучшения существующих генных моделей.Важно отметить, что этот процесс подобрал 3 модели гена, которые присутствовали в предсказании гена ab initio , но ошибочно отсутствовали в ILUMI_OGS1.1. Мы исправили эти генные модели, и исправления доступны в повторно представленной версии как ILUMI_OGS1.2. Соответствующие зависимые анализы, такие как количественная оценка экспрессии, аннотация функции белка InterProScan, рисунок 3C, рисунок 3D, были переделаны.

    Некоторые аспекты рисунков кажутся неинформативными (по крайней мере, для содержания этой статьи).На Рисунке 1 показано географическое распространение и сбор образцов P. pyralis. Это можно было бы перенести в приложение, так как оно имеет минимальное влияние на бумагу в целом. На Рисунке 2 большая часть контента кажется лучше для дополнения.

    Благодарим рецензента за комментарии. Мы полагаем, что дополнение уже достаточно обширно, и что на Рисунках 1 и 2 представлена ​​соответствующая вводная информация. Мы утверждаем, что перенос содержимого рисунков 1 и 2 в дополнительные, вероятно, затруднит поиск этой информации.Но мы продолжим оценивать такую ​​реорганизацию.

    Мне понравился рисунок 3 (хотя информация очень плотная), и я также подумал, может ли модель эволюции фонаря из пероксисомы иметь мультяшную фигуру.

    Благодарим рецензента за его оценку. Действительно, представить такую ​​плотность данных в виде связного рисунка — непростая задача. Что касается комментария рецензента об эволюции фонаря из пероксисомы, то нам это непонятно. Пожалуйста, позвольте нам уточнить для рецензента на случай путаницы: фонарь / световой орган относится к светящейся ткани / органу (состоящему из специализированных клеток — фотоцитов, среди нескольких других типов клеток, например.г. нейроны и клетки трахеи), а не светящаяся органелла (периксосома) внутри фотоцита. Светящаяся органелла фотоцита, насколько нам известно, представляет собой стандартную пероксисому, хотя она определенно заполнена большим количеством люциферазы, и может быть больше стандартной пероксисомы, и ее очень много в клетках фотоцитов. Мы действительно думаем, что рассмотрение эволюции биолюминесцентной системы на тканевом уровне является ценной целью, но, возможно, выходит за рамки правильной рукописи.

    Рисунок 4B.Большие значения омеги возникают в результате отсутствия синонимичных сайтов (отсутствие синонимичных сайтов приводит к тому, что омега становится бесконечностью). Y. Ziheng предлагает сообщать статистику теста отношения правдоподобия как более информативную.

    Мы обновили рисунок 4B, включив в него статистику теста отношения правдоподобия в дополнение к статистике омега.

    Рецензент № 4:

    В этом исследовании анализируются геномы двух светлячков и жука-щелкуна, чтобы выяснить происхождение биолюминесценции.Авторы предлагают убедительные доказательства двух независимых источников происхождения, таким образом показывая, что биолюминесценция, скорее всего, эволюционировала конвергентно у светлячков и жуков-щелкунов. Эта рукопись хорошо написана, и в исследовании содержится много новых и интересных открытий. У меня есть несколько конкретных комментариев.

    Подраздел «Независимое происхождение люциферазы светлячков и щелкунов», последний абзац и рисунок 4B: Почему анализ молекулярной эволюции проводится только на люциферазе щелкунов, а не на светлячках?

    Адресовано в ответ на существенные изменения).

    Кроме того, можно ли идентифицировать специфические адаптивные мутации?

    (Адресовано в ответ на существенные изменения).

    Развиваются ли гомологичные позиции адаптивно в обоих предполагаемых источниках люциферазы или, по крайней мере, в одном домене / структуре?

    Мы не проводили адаптивный анализ сайта для гомологов светлячков (рассматривается в основных версиях). Что касается того, находятся ли сайты в одном домене, мы предполагаем, что они будут, люциферазы жуков имеют одинаковую доменную структуру между собой и с предковыми ацил-CoA синтетазами, которые обычно считаются N-концевыми доменами, и C-концевыми. домен с активным сайтом в интерфейсе.

    Необходимо улучшить структуру дополнительной информации и ссылки на нее в руководстве.

    В целом меня очень порадовало качество цифр и объем передаваемой информации. Однако есть несколько моментов, касающихся их расположения, порядка, релевантности и т. Д.

    Мы благодарим рецензента за его конструктивные комментарии и частичную реорганизацию основных текстовых фигур, чтобы улучшить их расположение, порядок и релевантность, и будем продолжать оценивать такие реорганизация

    [Примечание редакции: до принятия были запрошены дополнительные исправления, как описано ниже.]

    Рукопись была улучшена, но есть некоторые оставшиеся проблемы, которые необходимо решить перед принятием, как указано ниже:

    Спасибо за подробные ответы на вопросы, поднятые четырьмя рецензентами, и ваши усилия по их решению в основной текст и дополнительная информация. По большей части рецензенты довольны обновлениями, уточнениями и т. Д. И считают, что рукопись значительно улучшена. Поскольку отзывы в основном положительные, я не запрашивал формального второго раунда обзоров, но вместо этого проконсультировался с рецензентами, чтобы составить следующий список проблем, которые, по нашему мнению, не были полностью решены вашими изменениями или требуют дополнительных разъяснений.

    1) Ортологический анализ

    Фильтрация изоформ перед ортологическим анализом довольно запутанная, стандартная практика (как указано на странице OrthoFinder GitHub) заключается в выборе самого длинного транскрипта (кодирующей последовательности) для каждого гена (если другие доказательства не подтверждают выбор канонической расшифровки).

    Мы считаем, что выбор самой длинной изоформы, хотя, по общему признанию, является простой и легко применяемой эвристикой, он подвержен ошибкам. Здесь мы предполагаем, что типичный способ ошибки для альтернативной структурной аннотации варианта сплайсинга будет заключаться в создании ошибочно длинной модели транскрипта / пептида, поэтому наш более сложный подход, который уделяет первостепенное внимание изоформам с наилучшими аннотированными доказательствами, кажется надежным.Наиболее надежной передовой практикой может быть использование аннотированной человеком канонической изоформы для каждого гена, однако, насколько нам известно, такой файл FASTA не предоставляется базами данных генома D. melanogaster и T. castaneum .

    Тем не менее, примененная стратегия удалила многие альтернативные расшифровки, и это четко указано в легенде и должным образом подробно описано (со сценариями) в дополнении, и эта проблема в основном затрагивает Tribolium и Drosophila, а Drosophila больше не отображается в Рисунок 2E (только самый внимательный читатель найдет Приложение 4 — рисунок 1 с 15’152 генами дрозофилы, хотя на самом деле у него всего 13’931), так что это приемлемо, хотя и неточно.

    Да, рецензенты запросили изменение с Drosophila на Tribolium на рисунке 2E в последней редакции.

    Убедитесь, что любой результат, основанный на ортологах Drosophila или Tribolium или ссылающийся на них (например, генные деревья), проверяется, чтобы убедиться, что на них не влияет ошибочное включение альтернативных транскриптов.

    Мы рассмотрели следующие генные деревья в рукописи:

    Рисунок 3C: Нет повторяющихся изоформ

    Рисунок 4A / B: Нет избыточных изоформ

    Приложение 1 — Рисунок 13: Нет повторяющихся изоформ (не относится к Д.melanogaster или T. castaneum последовательностей)

    Приложение 4 — рисунок 2: без избыточных изоформ

    Приложение 4 — рисунок 6: без избыточных изоформ

    Приложение 4 — рисунок 8: без избыточных изоформ

    Приложение 4 — рисунок 9 : Избыточные изоформы, но не влияют на результаты и документируются в метаданных.

    2) Результаты BUSCO

    Более низкий набор генов, чем полнота BUSCO генома: добавьте квалификатор P5L116 в соответствии со строками — Более высокая полнота сборок BUSCO по сравнению с наборами генов предполагает, что будущие усилия по курированию приведут к повышению полноты аннотаций.

    Мы добавили эквивалентное предложение в конец второго абзаца результатов:

    «Более высокая полнота сборок BUSCO по сравнению с генетическими наборами (Приложение 4 — таблица 3) предполагает, что в будущем усилия по ручному курированию будут приведет к повышению полноты аннотаций «.

    3) Анализ молекулярной адаптации

    Если мы правильно понимаем, цМем использовался только для проверки ветви, ведущей к EAncLuc — а как насчет ветвей PmeLucV и PangLucV? Если мы правильно понимаем, PAML использовался для тестирования всех трех ветвей, но в приложении мы видим результаты только для одного фона vs.тест переднего плана, так что это оставляет нас в замешательстве.

    Рецензенты правы — для анализа выбранных сайтов цМем использовался для тестирования только ветви, предшественницы EAncLuc, тогда как для анализа PAML-BEB все три ветви (EAncLuv, PmeLucV, Panluc) были назначены на передний план. . Чтобы сделать анализ PAML-BEB аналогичным анализу цМема, мы обновили этот анализ и цифры, так что теперь ветвь переднего плана является только ветвью, являющейся предком EAncLuc. На рисунке S4.3.4.3 теперь показано объединение выбранных сайтов, обнаруженных как PAML-BEB, так и цМемом, а не пересечение, как было показано ранее.Мы подчеркиваем, что это предварительный анализ, и что необходимы функциональные эксперименты, чтобы окончательно прокомментировать любые выбранные сайты, предложенные этим анализом.

    По существу — подтвердили ли дополнительные тесты все три ветви, идентифицированные с помощью aBSREL, или нет?

    Анализы PAML и aBSREL для выбора ветвей примерно совпадают. Тесты ветвей PAML (не показаны) поддержали модель свободного отношения как наиболее подходящую и показали повышенные скорости направленной эволюции ветвей EAncLuc, PmeLucV и PangLucV со значениями омега ~ 0.6+, по сравнению с фоном в другом месте филогении <0,1. Однако наиболее сильно выбранной ветвью в анализе ветвей PAML была ветвь предкового узла для PmeLucD и PplagLucD. Эта ветвь также была обнаружена в анализе aBSREL, но была ниже выбранного нами порога значимости. Мы утверждаем, что из-за важной функции гена мы ожидаем, что большая часть люциферазы будет консервативной, но с повышенной скоростью эволюции в определенных доменах или в определенных активных сайтах внутри молекулы.Таким образом, модели «ветвь за сайтом» более подходят, и результаты PAML этого анализа согласуются с результатами abSREL и MEME (см. Выше).

    Учитывая очень высокие значения омега для ветвей PmeLucV и PangLucV, а также низкую долю сайтов, возможно, они в любом случае не заслуживают доверия? Мы были бы более склонны отвергать их как ненадежные, чем объяснять их сексуальным отбором.

    Мы не думаем, что ветви PmeLucV и PangLucV ненадежны, поскольку низкая доля положительно выбранных сайтов является результатом, которого мы ожидаем от эпизодического выбора цвета излучения люциферазы.Это связано с тем, что известно, что мутации относительно небольшого числа ключевых сайтов в активном центре люциферазы сильно модулируют цвет излучения. Мы также не упомянули, что и PangLucV, и PmeLucV на самом деле являются вариантами люциферазы с красным смещением (испускание PangLucV = 566 нм, PmeLucV = 554 нм, по сравнению с предполагаемым наследственным зеленым цветом ~ 530-550 нм).

    Мы обновили легенду на рис. 4B, чтобы лучше описать это мышление:

    «Поскольку выбранные ветви с голубыми звездами представляют собой элатеридные люциферазы с красным смещением (Yuichi Oba, Kumazaki, and Inouye 2010; Stolz et al., 2003), они могут представлять собой постнеофункционализационный отбор нескольких ключевых участков через половой отбор эмиссионных цветов ».

    4) полуизбыточные легенды на рисунке 4A

    На самом рисунке не сразу понятно, что нижняя левая легенда относится к предполагаемым состояниям ветвей и узлов, в то время как условные обозначения в рамке рядом с Elateridae относятся к наблюдаемым состояниям дошедшие до нас виды. Пожалуйста, проясните эту разницу.

    Мы добавили дополнительный текст легенды рисунка, чтобы подчеркнуть это различие, которое мы воспроизводим здесь для удобства рецензентов:

    «Люциферазная активность (верхний правый циферблат; черный: люциферазная активность, белый: люциферазная активность отсутствует, заштрихованная: неопределенная). ) был аннотирован на существующих гомологах люциферазы светлячков посредством обзора литературы или заключения посредством прямой ортологии.Затем предковые состояния активности люциферазы в предполагаемых предковых узлах были реконструированы с помощью неупорядоченной структуры экономичности и схемы максимального правдоподобия (ML) (нижняя левая цифра; Приложение 4, подраздел «Реконструкция предкового состояния активности люциферазы (Рисунок 4A)») . »

    5) Рисунок 3a) Пожалуйста, проверьте шкалу Ppyr и метки, по шкале масштаба расстояние между делениями 28 000 и 28 350 должно соответствовать 50 кбит / с — да?

    Приносим свои извинения, значение 28 000 является опечаткой и должно быть 28 300.Мы перерисовали три локуса P. pyralis на Рисунке 3D с нуля, чтобы исключить любые другие проблемы.

    В ходе этого процесса перерисовки мы выявили и включили два гена семейства, не относящиеся к PACS / ACS (PPYR_01208; PPYR_01209), которые были исключены из предыдущего рисунка, поскольку у них не было гомологов в других A. lateralis и I. luminosus на рис. 3D. Мы обозначили эти гены белым фоном, окруженным черной рамкой, и указали это в легенде на Рисунке 3.

    Признавая обеспокоенность рецензента по поводу того, что промежутки между локусами гомолога люциферазы P. pyralis вводят в заблуждение или их трудно увидеть, мы удалили постороннее негенное пространство каркаса и вместо этого использовали это пространство, чтобы подчеркнуть длину промежутков в фигура.

    b) «разбросаны ли в геноме гены, не изображенные в 3D»

    Мы считаем, что описание в легенде могло бы быть более точным. В частности, «Около десяти генов PACS и ACS фланкируют ген Luc1 в обоих геномах светлячков.«Например, что-то вроде следующего (но, пожалуйста, проверьте подробности): девять из 12 генов PACS / ACS A. lateralis фланкируют AlatLuc1 на каркасе 228, в то время как четыре из 11 генов PACS / ACS P. pyralis являются соседями PpyrLuc1 на LG1 с еще шесть 2,4 Мбит / с и 39,1 Мбит / с в нисходящем направлении.

    Мы согласны, что это предложение должно быть более информативным. Мы изменили предложение в соответствии с предложением рецензентов и представляем исправленное предложение ниже для удобства:

    «Девять из 14 A.lateralis Гены PACS / ACS близко фланкируют AlatLuc1 на каркасе 228, в то время как четыре из 13 PACS / ACS генов P. pyralis являются близкими соседями PpyrLuc1 на LG1, а еще семь генов находятся на расстоянии 2,4 Мбит / с и 39,1 Мбит / с по той же связи. -группа.»

    c) Рецензент 1 — «Учитывая размер, особенно второго, для читателя было бы правильнее явно пометить их и, вероятно, также подсчитать количество генов в этих областях». Мы считаем важным указать, сколько генов находится в этих не показанных областях (помеченных 2.4 Мбит / с и 36,7 Мбит / с), потому что, если они упакованы другими генами, это намекает на большее перетасовку, в то время как если просто «расширить» с помощью вставленных TE, то синтения с Alat кажется более уверенной.

    Ситуация первая, в этих областях много генов:

    P. pyralis 2,4 Мбит / с Gap1: 630 генов

    P. pyralis 36,7 Мбит / с Gap2: 4511 генов

    У нас нет добавили количество генов в сам рисунок для практического рассмотрения: если бы мы добавили количество генов к P.pyralis gapped loci, нам также нужно будет добавить их для всех краев с зазорами, и на рисунке просто нет места для этого дополнительного текста для всех областей с зазорами. Мы подчеркиваем, что эти данные доступны читателям даже без их явного представления: эта информация доступна в браузере генома на сайте www.fireflybase.org, а также при анализе официальных файлов генов GFF3 (ссылки на сайте www.fireflybase.org, в настоящее время размещены на Github).

    лет Наружные фонари и лампы, которые вам понравятся в 2021 году

    Перезаряжаемый фонарик яркостью 1100 люменов A3, длинное освещение 200 метров, использование светодиодного фонарика с фитилем CREE XML (U2) и 5 ​​режимов освещения для походов, кемпинга, отключения электроэнергии и чрезвычайных ситуаций Описание : РАЗМЕР: 1.1 дюйм x 1,1 дюйма x 5,91 дюйма (2,7 * 2,7 * 14,5 см), сверхяркий светодиод с яркостью 1100 люмен (макс. Выходная мощность), излучающий интенсивный луч света на расстоянии до 1000 футов. 5 режимов: высокий, средний, ближний свет, стробоскоп и функция SOS. Профессиональный импортный светодиодный фитиль CREE: высокая яркость, стабильная работа, длительный срок службы. Конструкция с несколькими излучающими кольцами: эффективное излучение, хорошее для продления срока службы фонарика. Гарантированное высокое качество изготовления: используйте материал из алюминиевого сплава. Выше протестировано в лаборатории компании, не замачивать в воде.Быстрая и эффективная зарядка через USB: используйте USB, совместимый со всеми интерфейсами USB. Примечание: полный комплект не включает зарядную головку. Источник питания: 1 литий-ионный аккумулятор 18650 (в комплекте). / * Определения стилей * / table.MsoNormalTable {mso-style-name: 普通 表格; mso-tstyle-rowband-size: 0; mso-tstyle-colband-size: 0; mso-style-noshow: yes; mso-style-priority: 99; mso-style -qformat: yes; mso-style-parent: «»; mso-padding-alt: 0cm 5,4pt 0cm 5,4pt; mso-para-margin: 0cm; mso-para-margin-bottom: .0001pt; mso-pagination: widow-orphan; font-size: 10.5pt; mso-bidi-font-size: 11.0pt; font-family: «Calibri», «sans-serif»; mso-ascii-font-family: Calibri; mso-ascii- тема-шрифт: второстепенный-латинский; МСО-ханси-шрифтов-семейство: Calibri; МСО-ханси-тема-шрифт: второстепенный-латинский; МСО-биди-шрифтов-семейство: «Times New Roman»; МСО-биди-тема- шрифт: второстепенный-биди; МСО-шрифт-кернинг: 1.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.